Napriek tomu rieka bola schopná v mnohých úsekoch zachovať svoj prírodný biotop.
Niekoľko priehrad križuje rieku v Rakúsku, veľké vodné diela nájdeme na Slovensku aj v Srbsku. Brehy sa regulovali a vyrastali na nich veľké mestá. Napriek tomu sa podarilo na druhom najväčšom európskom veľtoku zachovať divočinu. Dunaj je domovom bobrov, vydier, jelenej zveri a v delte aj vzácnych šakalov, pelikánov či ibisovcov. V jeho vodách pláva približne 100 druhov rýb, pobrežie a riečne ostrovy sú rajom pre vtáctvo. Divé zvieratá sa podarilo vrátiť aj tam, kde rieku zmenila ľudská ruka.
SLOVENSKO - Vtáčí ostrov
Foto: Getty Images Hungary
Mladí samci kačice hrdzavohlavej pri Hamuliakove.
Unikáty: kačica chripľavka, čajka čiernohlavá, bobor
Pod Bratislavou vznikla pri budovaní Gabčíkova vodná zdrž Hrušov. Časť vody tu prepúšťajú cez čunovskú hrádzu do starého koryta, časť pokračuje do umelého plavebného kanála, ktorý smeruje ku gabčíkovskej elektrárni a plavebným komorám. Hoci je kanál široký spravidla 300 metrov, pri Šamoríne sa rozlieva na viac než 700 metrov. Uprostred rozľahlej vodnej plochy sa tiahne ostrov o veľkosti futbalového ihriska. Je umelý, od roku 1991 slúži ako čiastočná náhrada za pôvodné hniezdiská. Aj vďaka zamestnancom Slovnaftu, ktorí sa každoročne zapájajú do kosenia a čistenia plochy, je lákadlom pre jedinú významnú kolóniu čajkovitých vtákov na celom toku Dunaja. Domov tu našli napríklad čajka čiernohlavá a čajka smejivá. Ostrov je s výnimkou niekoľkých dní pre verejnosť celoročne neprístupný. Na Vtáčom ostrove sa usídlili aj kačica chripľavka a hrdzavka potápavá. Pred pár rokmi rozšírili v jednej časti ostrova kamennú hrádzu, aby zväčšili možnosti ich hniezdenia. A práve chripľavka patrí medzi vtáky, vďaka ktorým bolo v lokalite vyhlásené medzinárodne uznávané vtáčie územie Dunajské luhy.
Na zdrži Hrušov zase zvyknú zimovať obrovské orliaky morské s rozpätím krídiel viac než dva metre. Symbolom divočiny na Dunaji sú bobry, ktoré boli na Slovensku vyhubené v roku 1856. Vrátili sa na prelome milénia z Rakúska, kde ich do voľnej prírody vypustili ochranári.
Neďaleko zdrže Hrušov sa rozprestiera aj prírodná rezervácia Kopáčsky ostrov. Jej lesostepné a stepné porasty tak blízko Dunaja, popri ktorom sa väčšinou tiahnu lužné lesy, príjemne zaskočia.
RAKÚSKO - Národný park Donau Auen
Foto: Getty Images Hungary
Korytnačka močiarna hrejúca sa na slnku.
Unikáty: korytnačka močiarna, prehliadka dunajských rýb za sklenou stenou
Medzi Viedňou a Bratislavou, na území, kde sa obyvateľom na poslednú chvíľu podarilo zabrániť výstavbe priehrady, vyhlásili Národný park Donau Auen. Stúpajúca a klesajúca voda rieky vytvorila na ľavom brehu množstvo biotopov, kde sa darí európskym korytnačkám či plazom, pod vodnou hladinou našlo domov 60 druhov rýb. Pozorovať ich môžete aj cez sklenenú stenu, stačí navštíviť prírodovedné múzeum v zámku v obci Orth an der Donau. Cez národný park vedie turistický aj cyklistický chodník.
MAĎARSKO, CHORVÁTSKO
Foto: Getty Images Hungary
Lužná oblasť neďaleko Kopačeva v Chorvátsku.
Národný park Dunaj – Ipeľ
Národný park Dunaj - Dráva
Unikáty: jaskyne, jelenia zver, 24 druhov vážok
V miestach, kde Dunaj preteká zo Slovenska do Maďarska, sa začína Národný park Dunaj – Ipeľ. Zahŕňa časť nivy Ipľa, Pilíšske a Visegrádske vrchy a siaha k mestečku Svätý Ondrej. Vápencový masív Pilisu je pretkaný jaskyňami, medzi najznámejšie patrí Ördöglyuk, Leány a Legény.
Na opačnej strane lokality, pri hraniciach s Chorvátskom, sa rozprestiera Národný park Dunaj – Dráva. Pýši sa vychýrenými jeleňmi, 24 druhmi vážok a niekoľkými stovkami druhov motýľov. Hniezdia tu orliak morský aj bocian čierny.
Odrezaním dunajských ramien a vybudovaním hrádzí vzniklo približne 40 záplavových jazier, ktoré sú súčasťou najväčšej lužnej oblasti v Maďarsku. Je dlhá 30 kilometrov, v najširšom mieste meria sedem kilometrov.
RUMUNSKO, UKRAJINA
Foto: Getty Images Hungary
Pelikány a dych berúci západ slnka v delte Dunaja v Rumunsku.
Dunajská delta
Unikáty: orliak morský, berenikla červenokrká, šakal zlatý, vyza veľká
Najzachovalejšia riečne delta v Európe zaberá viac ako 4-tisíc km2 a v roku 1991 bola jej veľká časť zapísaná do zoznamu prírodného dedičstva UNESCO. Pred vyústením do Čierneho mora sa rozvetvuje na tri hlavné ramená a desiatky malých tokov. Obrovská mokraď s lagúnami a jazierkami je domovom vyše 300 druhov vtákov. K najvzácnejším patria pelikán ružový a kučeravý, ibis hnedý, lyžičiar biely a orliak morský. Delta je tiež zimoviskom vyše 500-tisíc husí bieločelých a 45-tisíc bernikiel červenokrkých. Z cicavcov treba spomenúť šakala zlatého, z rýb vyzu veľkú, považovanú pre kvalitu a množstvo svojho kaviáru za jednu z najdrahších rýb na svete.