Existujú totiž hodnoverné záznamy z 13. storočia o Kostole sv. Michala, ktorý stál na rovnakom mieste ako súčasný svätostánok. Hoci presný dátum začiatku výstavby chrámu sa nepodarilo zistiť, v písomných prameňoch z roku 1349 sa už stavebné práce spomínajú.

Výstavbu nového, impozantného chrámu si vyžiadal rastúci počet obyvateľov Kluže. Časť peňazí pochádzala z milodarov a výnosov jarmočných osláv. Práce trvali niekoľko desaťročí. Dokončenie stavby sa datuje do druhého obdobia panovania kráľa Žigmunda (1419 – 1437).

Priečelie a vežu kostola dostavali o niekoľko dekád neskôr. Namiesto plánovaných dvoch veží vznikla iba jedna. Kostol opakovane poškodil požiar, do jeho pôvodnej veže dokonca udrel blesk a výrazne ju poškodilo zemetrasenie v 18. storočí. Súčasná neogotická veža pochádza až z 19. storočia. Za múrmi trojloďového Kostola sv. Michala, postaveného v štýle sedmohradskej gotiky s prvkami hornouhorskej architektúry, sa odohralo množstvo významných historických udalostí.

Za všetky stačí spomenúť päťdesiat zasadnutí snemu či zvolenie viacerých sedmohradských kniežat. Kostol slúžil evanjelickej, reformovanej aj unitárskej cirkvi, od roku 1716 patrí rímskokatolíkom.